W wielu miejscach w strefie przyfrontowej dochodziło natomiast do niekontrolowanej wymiany strzałów, spowodowanej nerwowością i niedoświadczeniem niemieckich rekrutów. Zdaniem niemieckiego historyka Jochena Böhlera podobna była również przyczyna strzelaniny w Kajetanowicach.
Przebieg masakry Po zakończeniu strzelaniny Niemcy rozpoczęli pacyfikację wsi. Dzień wcześniej żołnierze 42 pułku piechoty w podobnych okolicznościach rozstrzelali kilkuset mieszkańców Częstochowy. W dzienniku działań bojowych tej jednostki zapisano, że także w Kajetanowicach zostały przedsięwzięte „środki, które (...) z powodzeniem zastosowano w Częstochowie”.
Wieś oświetlono rakietami, po czym żołnierze wkroczyli w szyku bojowym. Mieszkańcom zabroniono opuszczać domy, jednak chwilę później Niemcy przystąpili do palenia i ostrzeliwania zabudowań. Otwierano również ogień do uciekających w panice mieszkańców. Miały miejsce wypadki, gdy Niemcy nie pozwalali na wyciągnięcie dzieci lub starców z płonących budynków. Jeden ze świadków słyszał żołnierza mówiącego, że „Polaków trzeba tu wymordować od kołyski”. Niemcy przeprowadzali także doraźne egzekucje. W pewnym momencie wydano komendę „mężczyźni wystąp, tylko szybko, bo nie mamy czasu”, po czym wyciągnięto z tłumu kilkunastu mieszkańców.