Jednostki naukowe Zakład Bioróżnorodności i Ochrony (Departamento de la Biodiversidad y Conservación) skupia się przede wszystkim na roślinach naczyniowych strefy Morza Śródziemnego, obszarów subtropikalnych i tropikalnych. Podejmuje działania w kierunku ochrony roślin wodnych poprzez tworzenie map występowania gatunków i badania rejonów podmokłych. Zakład Mykologii (Departamento de Micología) zajmuje się taksonomią, nomenklaturą, występowaniem i ochroną grzybów.
Wydawane czasopisma naukowe Anales del Jardin Botánico de Madrid. Czasopismo publikujące artykuły dotyczące taksonomii roślin i grzybów oraz dziedzin pokrewnych (biogeografia, bioinformatyka, ekofizjologia, florystyka, morfologia funkcjonalna, nomenklatura). Flora Ibérica. Czasopismo publikujące badania taksonomiczne na roślinach naczyniowych, które występują naturalnie na Półwyspie Iberyjskim i na Balearach. Flora Mycologica Ibérica. Czasopismo aperiodyczne, publikujące monografie. Każda z publikacji jest dwujęzyczna: dwie kolumny na stronie prezentują tekst w języku hiszpańskim i angielskim. Ruizía (Monografías del Real Jardín Botánico).