Znajduje się za pawilonem Villanuevy i eksponuje między innymi kolekcję bonsai, darowaną przez byłego prezydenta Hiszpanii Felipe Gonzáleza.
Galeria
Działalność naukowa Zbiory naukowe Herbarium jest największym w Hiszpanii, gromadzi ponad milion gatunków z całego świata. Najstarsze okazy zostały włączone podczas ekspedycji naukowych z przełomu XVIII i XIX w. Biblioteka Królewskiego Ogrodu Botanicznego powstawała wraz z rozwojem ogrodu. Archiwum ogrodu obejmuje przede wszystkim bogatą dokumentację sporządzoną w wyniku działalności samego ogrodu, lecz także liczne darowizny dokumentacji z wypraw organizowanych w XVIII w. i XIX w. Obecnie księgozbiór biblioteki i archiwum obejmuje około 30 000 książek, ponad 2000 tytułów czasopism, około 2500 map. Bank zasobów genowych (Banco de Germoplasma) publikuje co roku listę Index Seminum, w której wymienia rodzaje nasion, jakie ogród botaniczny oferuje na wymianę placówkom naukowym na całym świecie. Od 1987 r. w ogrodzie działa zaawansowany system przechowywania nasion przez suszenie i przechowywanie w niskich temperaturach.