Głównym problemem jego administracji był krach gospodarczy, który rozpoczął się jeszcze pod koniec rządów Jacksona. Nieurodzaj w roku 1836, wycofanie twardej waluty z kont oszczędnościowych i zwiększenie podaży papierowego pieniądza doprowadziły do licznych bankructw firm i banków, a także do wzrostu cen, zwłaszcza żywności. Pomimo że Van Buren był przeciwny ingerencji rządu federalnego w sprawy gospodarki kraju, zaproponował by wycofać depozyty z banków i ustanowić całkowicie niezależny Departament Skarbu. Ta ostatnia propozycja, ze względu na opór konserwatystów, została odrzucona przez Kongres, a jej przegłosowanie było możliwe dopiero w 1840 roku.
Recesja miała także wpływ na politykę międzynarodową, ponieważ prezydent Van Buren oświadczył, że Stany Zjednoczone nie są w stanie spłacić swoich długów w Europie, co spowodowało ochłodzenie stosunków dyplomatycznych z Anglią i Francją. Na niekorzyść relacji z Koroną Brytyjską wpłynęło też powstanie w Kanadzie w 1837 roku. Pomimo że Van Buren oficjalnie ogłosił, że Stany Zjednoczone zachowują neutralność w tej sprawie, to przywódca powstania William Lyon Mackenzie, po porażce schronił się w amerykańskim Buffalo, gdzie zorganizował swój garnizon.