Dalsze losy Po likwidacji Treblinki przez krótki czas przebywał w obozie zagłady w Sobiborze. W listopadzie 1943 roku został, podobnie jak większość weteranów akcji „Reinhardt”, przeniesiony na wybrzeże Adriatyku. Przez 2–3 miesiące szkolił rekrutów w szkole Landesschutzu w Trieście, później powierzono mu zadanie zorganizowania podobnej szkoły w Gorycji. Pod koniec 1944 roku został ranny w potyczce z partyzantami. Po zakończeniu rekonwalescencji zajmował się ochroną linii kolejowych.
W maju 1945 roku, przebywając wtedy na terytorium Austrii, dostał się do amerykańskiej niewoli. Zdołał zbiec i przedostać się na terytorium Niemiec. Tam Amerykanie zatrzymali go ponownie, lecz wkrótce został wypuszczony na wolność. Powrócił do Düsseldorfu, gdzie pracował najpierw jako robotnik budowlany, a później jako kucharz.
Śledztwo i proces Nazwisko Franza bardzo często przewijało się w zeznaniach ocalałych więźniów Treblinki, składanych podczas pierwszych powojennych śledztw, które prowadzono w Polsce i Niemczech Zachodnich. Gdy w 1959 roku Centrala Badania Zbrodni Narodowosocjalistycznych w Ludwigsburgu wszczęła śledztwo w sprawie zbrodni popełnionych w Treblince, szybko stał się jednym z pierwszych podejrzanych.