Podczas oblężenia Petersburga Alexander zaadaptował swą artylerię do wojny pozycyjnej, m.in. eksperymentując z różnymi typami moździerzy. Był przekonany, że unioniści drążą tunele pod szańcami konfederatów, ale nim zdołał cokolwiek uczynić w tej sprawie został ranny w ramięHearn, Sapp, Smith, s.17.. Wyjeżdżając na leczenie do Georgii poinformował gen. Lee o swych podejrzeniach, skutkiem czego konfederaci podjęli bez powodzenia kilka prób wykrycia tych tuneli. Wybuch miny 30 lipca zaskoczył konfederatów, ale atakujący wyłom unioniści ponieśli klęskę. Alexander wrócił do armii w lutym 1865 roku; zawiadywał stanowiskami obrony Richmondu nad rzeką James. Wycofał się wraz z armią Roberta Lee.
W Appomattox Court House Alexander zaproponował Lee, by zamiast kapitulować, rozproszyć armię. Lee ofuknął go, a Alexander napisał później, że żałował swojej sugestii. Incydent ten jest czasami opisywany jako złożenie propozycji prowadzenia „wojny partyzanckiej”, ale Alexander wyjaśnił w swych wspomnieniach Fighting for the Confederacy, że jego pomysłem było, by zamiast poddać się, „kazać armii rozproszyć się po lasach, gdzie ludzie mieliby do wyboru albo przyłączyć się do gen.