Johnstona w Karolinie Północnej, albo wrócić z bronią w ręku do swego stanu i zameldować się u gubernatora”Alexander, Fighting for the Confederacy, s.531–533..
Ostatnie lata Po przegranej wojnie Alexander przez krótki czas służył w armii BrazyliiAlexander, Fighting for the Confederacy, s.531.. Po powrocie do ojczyzny pojął, że wcale nie pragnie powrotu do życia na plantacji. Wykładał matematykę na University of South Carolina w Columbii, po czym pracował na kierowniczych stanowiskach w kilku liniach kolejowych Południa.
Alexander zaprzyjaźnił się z Groverem Clevelandem, z którym spędził wiele godzin polując na kaczki na terenie swej posiadłości w Georgii. W maju 1897 roku prezydent Cleveland mianował Alexandra przewodniczącym komisji mającej przeprowadzić demarkację granicy pomiędzy Nikaraguą i Kostaryką, co miało związek z ewentualną budową kanału interoceanicznego w Ameryce Środkowej. Alexander dwa lata spędził w nadmorskiej wiosce Greytown (dzisiaj San Juan de Nicaragua). Ukończył prace ku zadowoleniu obu zainteresowanych rządów i do USA wrócił w październiku 1899 rokuAlexander, Fighting for the Confederacy, s.xvi.. Żona Alexandra, Bettie, rozchorowała się w czasie pobytu męża w Nikaragui i zmarła niedługo po jego powrocie, 20 listopada. W październiku 1901 roku ożenił się z Mary Mason, bratanicą swojej pierwszej żonyAlexander, Fighting for the Confederacy, ss.xix,559..