19 października 1965 grupa oficerów Hutu podjęła próbę zamachu stanu. Tego dnia puczyści ciężko zranili premiera Bihę oraz zaatakowali pałac monarchy. Mwambutsa został co prawda ocalony przez oddziały wierne rządowi, lecz w obawie o swoje życie natychmiast uciekł na terytorium sąsiedniego Konga, skąd udał się następnie do Szwajcarii. W Burundi uformował się tymczasem rząd kontrolowany przez armię i zdominowany przez Tutsi.
Przebywający na emigracji Mwambutsa zorientował się szybko, iż pozostając za granicą nie odzyska wpływu na sprawy państwa. 24 marca 1966 monarszym dekretem wyznaczył regentem swojego młodszego syna, Charlesa Ndizeye, nadając mu jednocześnie specjalne uprawnienia, obejmujące m.in. koordynację i kontrolę prac rządu. 8 lipca 1966 Ndizeye z poparciem armii i biurokracji przejął pełnię władzy w państwie, wstępując na tron jako Ntare V28 listopada 1966 Ntare V został obalony przez wojskowy zamach stanu. Nowy rząd ogłosił wówczas zniesienie monarchii i wprowadzenie systemu republikańskiego. Przez pewien czas obalony monarcha przebywał na emigracji w RFN. 30 marca 1972 w tajemniczych okolicznościach powrócił jednak do ojczyzny, gdzie niespełna miesiąc później został zamordowany. Patrz: ..
Przez resztę życia Mwambutsa przebywał na emigracji, głównie w Szwajcarii.