Kariera trenerska Po zakończeniu kariery Reyes został trenerem, początkowo podejmując pracę w drugoligowych rezerwach klubu Tigres UANL z siedzibą w mieście Monterrey, najpierw noszących nazwę Tigrillos Broncos, a później Tigres Mochis. W styczniu 2006 podpisał umowę z drugoligowym Querétaro FC, z którym na koniec sezonu 2005/2006, wskutek wygrania rozgrywek w fazie Clausura 2006, awansował do najwyższej klasy rozgrywkowej. Tam poprowadził drużynę w sezonie 2006/2007, po którym zaledwie po roku spadł z Querétaro ponownie do drugiej ligi. Sam pozostał jednak na pierwszym szczeblu, zostając asystentem Hansa Westerhofa w Club Necaxa z Aguascalientes, a po upływie sześciu miesięcy mianowano go pierwszym szkoleniowcem zespołu, który prowadził bez większych sukcesów przez kolejne kilka miesięcy. Został zwolniony w październiku 2008 po serii dziewięciu spotkań z rzędu bez zwycięstwa. Jesienią 2009 trenował drugoligowy Club León, również nie odnosząc z nim żadnego osiągnięcia.
Przez cały 2010 rok Reyes był członkiem sztabu szkoleniowego zespołu Club Santos Laguna z siedzibą w Torreón, współpracując w nim z argentyńskim trenerem Rubénem Omarem Romano.