25 czerwca 2012 do dymisji podał się rząd premiera Kamala Ganzuriego w celu umożliwienia powołania nowego gabinetu. 24 lipca 2012 Mursi desygnował na urząd premiera Hiszama Kandila, dotychczasowego ministra zasobów wodnych, który objął urząd 2 sierpnia 2012. 12 sierpnia 2012 prezydent w wydanym dekrecie ogłosił przejście na wojskową emeryturę szefa sztabu generalnego oraz marszałka Tantawiego, który utracił również stanowisko ministra obrony. Jednocześnie anulował wydaną w czerwcu 2012 przez radę wojskową deklaracją konstytucyjną ograniczającą uprawnienia szefa państwa.
Demonstracje przeciwko dekretom Mursiego 22 listopada 2012 Muhammad Mursi wydał dekrety, które rozszerzyły jego prerogatywy, co w ocenie egipskiej opozycji groziło przeprowadzeniu demokratycznych przemian w państwie. Z dekretów wynikało, że do czasu opracowania nowej egipskiej konstytucji, żaden organ w tym Sąd Najwyższy, nie może ograniczyć jego decyzji. Kolejne dekrety dawały zielone światło na powtórne procesy wysokich urzędników z czasów rządów Mubaraka, zakazywały rozwiązywania Zgromadzenia Narodowego do czasu opracowania ustawy zasadniczej. Mursi nadał sobie prawo do „podejmowania decyzji, które chroniłyby rewolucję”, zdymisjonował też prokuratora generalnego Abd al-Magida Mahmuda, a na stanowisko mianował Talata Abd Allaha.