Z kolei krótko po zakończeniu niemieckiej akcji komuniści i ludowcy obarczyli partyzantów NSZ odpowiedzialnością za tragedię Borowa i sąsiednich wsi, twierdząc, iż zbyt ostentacyjnie zaznaczali oni swoją obecność w tym regionie – i tym samym ściągnęli niemiecki odwet na bezbronną ludność. Podobną opinię można znaleźć w opracowaniach historycznych wydawanych w czasach PRL. W odpowiedzi kombatanci NSZ sugerowali, że przyczyną pacyfikacji były donosy komunistów, którzy jakoby zamierzali w ten sposób „ukarać” niemieckimi rękoma „reakcyjne wsie” współpracujące z narodową partyzantką (w raportach z początku 1944 aktywiści PPR mieli odnotować z satysfakcją, że na skutek pacyfikacji „reakcja doznała dużych strat”). Żadna z powyższych hipotez nie została jednak jednoznacznie potwierdzona.
Przebieg akcji eksterminacyjnej Akcja eksterminacyjna w powiecie janowskim została drobiazgowo przygotowana, a do jej realizacji Niemcy wykorzystali wszystkie dostępne w tym rejonie siły i środki. Główną siłę uderzeniową stanowił najprawdopodobniej 1. batalion 4. pułku policji SS, który wcześniej jako 316. batalion policji uczestniczył w masakrach Żydów oraz akcjach pacyfikacyjnych na terytorium ZSRR i Jugosławii. Zmobilizowano także okoliczne placówki żandarmerii, Gestapo i Wehrmachtu.