W 1995 roku, już jako szkoleniowiec swojego macierzystego Club Nacional de Football, przyczynił się do zdobycia przez zespół wicemistrzostwa Urugwaju.
W listopadzie 1995 Fernández po raz drugi został szkoleniowcem Puebla FC, którego poprowadził do końca rozgrywek 1995/1996, jednak nie odniósł z nim żadnego osiągnięcia. W 1997 roku objął japońskiego drugoligowca Consadole Sapporo, z którym jeszcze w tym samym sezonie wywalczył awans do najwyższej klasy rozgrywkowej, jednak już po kolejnych dwunastu miesiącach jego zespół spadł z J-League. We wrześniu 2001 podpisał kontrakt z meksykańskim CD Irapuato, który wraz z końcem roku połączył się z Tiburones Rojos de Veracruz, przyjmując jego nazwę. Na początku marca 2003 po raz trzeci objął Pueblą i poprowadził ją w czterech ligowych meczach, po czym odszedł z ekipy. Wiosną 2006 bez większych sukcesów był trenerem drugoligowej drużyny Lobos BUAP z siedzibą w mieście Puebla, po czym przeszedł do klubu Dorados de Sinaloa z Culiacán, także występującego w Primera División A. W wiosennym sezonie Clausura 2007 wywalczył z nią mistrzostwo drugiej ligi meksykańskiej, co wskutek porażki w decydującym dwumeczu z Pueblą nie zaowocowało jednak awansem do najwyższej klasy rozgrywkowej. W jesiennych rozgrywkach Apertura 2007 dotarł za to z Dorados do finału drugiej ligi.