Kariera trenerska Po zakończeniu kariery piłkarskiej Fernández rozpoczął pracę jako trener, początkowo podpisując umowę ze swoim byłym zespołem, CA Peñarol, zastępując na stanowisku szkoleniowca Osvaldo Balseiro. Z Peñarolem wywalczył tytuł wicemistrza Urugwaju w 1984 roku, po czym wyjechał do Meksyku, gdzie pracował przez zdecydowaną większość kariery trenerskiej. Początkowo podpisał umowę z kolejnym klubem, którego barwy reprezentował już jako zawodnik, czyli Puebla FC. Spędził tam kolejne cztery lata, a w sezonie 1987/1988 zdobył z nim krajowy puchar – Copa México. Bezpośrednio po tym sukcesie odszedł do ekipy Tigres UANL z miasta Monterrey, której szkoleniowcem pozostawał z kolei przez nieco ponad pół roku i nie odniósł żadnego sukcesu. W późniejszym czasie objął drużynę Tampico Madero FC, jednak został zwolniony po tym, jak w dwunastu spotkaniach ligowych zdołał odnieść tylko jedno zwycięstwo i znacznie przyczynił się do spadku klubu do drugiej ligi po sezonie 1989/1990. W 1991 roku wyjechał do Japonii, obejmując tamtejszy zespół Toshiba SC, który trenował przez następne dwa lata.