Niezadowoleni z układu aktywiści z "Frontu Południowego" ponownie rozpoczęli na początku 2006 roku budowę baz wojskowych na terenie Gwinei Bissau. Gdy władze tego kraju wykryły ten proceder, przystąpiły do natychmiastowej pacyfikacji. Do akcji wysłał wojsko także prezydent Wade, chcący zachować dobre relacje z Bissau. Rebelianci zostali szybko wyparci i przenieśli się pod granicę z Gambią, gdzie jednak natrafili na bojowników z "Frontu Północnego". Bratobójcze walki z sierpnia 2006 roku zmusiły kolejne tysiące cywilów do ucieczki na drugą stronę granicy. W trakcie wewnętrznych zatargów w MFDC, 13 stycznia 2007 zmarł ksiądz Augustin Senghor.
Po układzie pokojowym z 2004 roku konflikt stracił na intensywności, jednak walk nie zakończono. W roku 2007 rebelianci dokonali serii zabójstw politycznych, za co odpowiedzialne było radykalne skrzydło MFDC. W 2010 w Lagos w Nigerii zatrzymano nielegalny transport irańskiej broni przeznaczonej prawdopodobnie dla rebeliantów z Casamance. W odpowiedzi Senegal wydalił irańskiego ambasadora. Ostatnie krwawe walki w Casamance miały miejsce w grudniu 2010 roku, gdy partyzanci zaatakowali miasto Bignona. Zginęło wówczas kilkunastu bojowników i żołnierzy. Rok później, 21 grudnia 2011 roku, 12 żołnierzy zostało zabitych w ataku na bazę wojskową w pobliżu miasta Bignona.