Ksiądz Senghor, który był pod koniec XX wieku symbolem ruchu niepodległościowego zaczął skłaniać się ku rozwiązaniu konfliktu na drodze negocjacji. Dzięki temu poprawiły się jego stosunki z Watykanem, lecz stracił autorytet wśród bojowników. Część bojowników skupionych wokół Salifa Sadjo odmówiła mu posłuszeństwa, przejmując kontrolę nad „Frontem Południowym”, który po wojnie w Gwinei Bissau był znacznie osłabiony. Zapędy separatystyczne wyhamowały po śmierci Sidy’ego Badji z "Frontu Północnego", a prezydent Senegalu Abdoulaye Wade za swój priorytet uznał zakończenie konfliktu. 30 grudnia 2004 roku ksiądz Senghor i minister spraw wewnętrznych Senegalu, Ousman Ngom, podpisali w Ziguinchor porozumienie pokojowe, które przewidywało zakończenie walk, odbudowę regionu, demobilizacje bojowników i pomoc w ich powrocie do normalnego życia. Pominięto jednak kwestię statusu regionu.