W 1779 ostatni duchowny reformowany wyjechał z miasta. W tym samym roku podpalony został budynek kościoła, jednak został on odbudowany w tym samym roku w ciągu jednej doby w wyniku przebudowy spichlerza przeniesionego z miejscowości Stara Wieś.
W latach 1779–1822 urząd proboszcza sprawował ks. Krzysztof Filip Goburek. W 1781 doszło do poświęcenia kościoła św. Trójcy w Warszawie, gdzie została przeniesiona siedziba parafii. Węgrów został filiałem parafii warszawskiej. Funkcję duszpasterza w Węgrowie sprawował następnie w latach 1831–1835 ks. Gottlieb Rosenthal.
XIX wiek i czasy przed I wojną światową Za sprawą proboszcza ks. Karta Tetfeilera, urzędującego w latach 1836–1838, węgrowska parafia odrodziła się i rozpoczęto w 1837 budowę nowego, murowanego kościoła św. Trójcy. Budynek poświęcono w 1841, kiedy funkcję proboszcza sprawował ks. Friedrich Wilhelem (1838-1841).