Kariera trenerska W październiku 2008, zaledwie kilka dni po zakończeniu kariery piłkarskiej, Almirón został trenerem Dorados de Sinaloa, który prowadził przez następne kilka miesięcy bez większych sukcesów. W lipcu 2009 powrócił do Argentyny, podpisując umowę z drugoligowym Defensa y Justicia z siedzibą w stołecznym Buenos Aires. Odszedł ze stanowiska w grudniu 2009, po czym objął meksykańskiego drugoligowca Tiburones Rojos de Veracruz, który trenował przez kolejne półtora miesiąca. We wrześniu tego samego roku został szkoleniowcem innego klubu z drugiej ligi meksykańskiej, Correcaminos UAT z miasta Ciudad Victoria, gdzie spędził następny rok. W fazie Apertura 2011 przyczynił się do wygrania przez drużynę rozgrywek Liga de Ascenso, jednak został zwolniony już po czterech kolejkach sezonu i w decydujących spotkaniach zespół prowadził już Ignacio Rodríguez. W styczniu 2012 został asystentem trenera Juana Carlosa Cháveza w swojej byłej ekipie, Club Atlas, z której odszedł po kilku miesiącach wraz z jego zwolnieniem.