15 lipca 1939 r. odbyła się czwarta edycja Zlotu do Morza, zbiegła się z świętem dziesięciolecia funkcjonowania Aerokubu. Do Rumii przyleciało 150 samolotów, w zawodach wystartowały 44 załogi.
W 1939 r. Aeroklub Gdański był jednym z jedenastu aeroklubów działających na terenie Polski. Wybuch II wojny światowej przerwał jego działalność.
Okres Polski ludowej Reaktywacja działalności lotniczej nastąpiła od września 1945 r., z chwilą utworzenia na Politechnice Gdańskiej Akademickiego Koła Lotniczego. M.in. udało się odtworzyć sekcję szybowcową i spadochronową. Działalność Aeroklubu oficjalnie wznowiono 22 marca 1946 r., a w jego strukturze znalazły się trzy sekcje: samolotową, szybowcową i modelarską. Pierwszym lotniskiem aeroklubowym było Strzebielino, w 1947 AG przeniósł się do Wrzeszcza. W latach 1952-1957 Aeroklub został włączony do Ligi Przyjaciół Żołnierza, jego odrębność przywrócono 1 kwietnia 1957 r. Struktura uległa rozwinięciu, w Aeroklubie pojawiła się sekcja spadochronowa. W 1959 r. na aeroklubowym lotnisku zorganizowano III konkurs akrobacji szybowcowej. W V Spadochronowych Mistrzostwach Polski, rozegranym w tym samym roku, Ireneusz Zapaśnik zajął drugie miejsce.