mefi był bliżej spokrewniony z ceratozaurem niż abelizaurydami lub zajmował jeszcze bardziej bazalną pozycję filogenetyczną w obrębie Ceratosauria konieczne byłoby wydłużenie drzewa filogenetycznego o 7–14 stopni, co sugeruje, że taka jego pozycja filogenetyczna jest mało prawdopodobna. Jeśli wynik ten potwierdzą przyszłe analizy kladystyczne to eoabelizaur jest nie tylko najbardziej bazalnym, ale i najwcześniejszym znanym abelizaurydem, a jego odkrycie dowodzi istnienia tej grupy już w środkowej jurze. Późniejsza analiza przeprowadzona przez Farkego i Serticha (2013) przyniosła jednak wynik odwrotny niż analiza Pola i Rauhuta – Eoabelisaurus był w niej taksonem siostrzanym do Abelisauroidea (Abelisauridae + Noasauridae), a wymuszenie jego pozycji wewnątrz Abelisauridae skutkowało wydłużeniem drzewa o dwa stopnie.
Analizy filogenetyczne przeprowadzone przez Wanga i współpracowników (2017) potwierdzają przynależność Eoabelisaurus do nadrodziny Abelisauroidea i rodziny Abelisauridae; z analiz tych wynika jednak ponadto przynależność do Abelisauridae rodzajów Ceratosaurus i Genyodectes, przez innych autorów wyłączanych z Abelisauridae i Abelisauroidea.