Pod berłem Polski Na mocy drugiego pokoju toruńskiego Sztum wszedł w skład Prus Królewskich jako część województwa malborskiego i przeszedł pod panowanie króla polskiego. Miasto podlegało staroście, który miał swoją siedzibę na zamku. Wśród sprawujących tę funkcję wybitną rolę w polityce Prus Królewskich odegrały rodziny Bażyńskich i Cemów.
Po zniszczeniach wojennych zaczął się rozwój miasta. Najbardziej widocznym tego dowodem było rozpoczęcie budowy ceglanego kościoła (ok. 1478). W tym okresie istniał też szpital (przytułek) z kościołem św. Ducha znajdujący się w pobliżu Bramy Kwidzyńskiej.
Sztum wiele zyskał na znaczeniu, stając się siedzibą szlacheckich sądów ziemskich dla województwa malborskiego, a od XVI wieku także miejscem sejmików szlacheckich, które odbywały się w kościele św. Anny. Sejmiki miały czasem burzliwy charakter, np. w 1677 od kul zginął w pobliżu ołtarza jeden z uczestników. mały|Obraz Gustaw II Adolf w Sztumie z 1853, ze zbiorów Nationalmuseum w Sztokholmie|alt= Lustracja starostwa sztumskiego z 1565 stwierdza, że cotygodniowe targi w Sztumie były słabe, a dwa doroczne jarmarki nie przynosiły dochodów. Kolejnym czynnikiem wpływającym negatywnie na rozwój miasta były wojny polsko-szwedzkie. W czasie pierwszej wojny (1626–1629) Sztum został zajęty przez wojska szwedzkie.