Do sezonu 2012 roku w Minor League Baseball przystąpiło 244 zespoły z 19 lig.
Poziomy Minor League Baseball O klasie ligi decydują czynniki takie, jak możliwości finansowe klubów, poziom zainteresowania baseballem w danym mieście czy regionie oraz związana z nim pojemność stadionów i jakość ich oświetlenia.
Podział na klasy wygląda obecnie następująco:
Triple-A – najwyższy poziom w MiLB, składający się z trzech lig: International League, Pacific Coast League oraz Liga Mexicana de Béisbol, która nie należy do systemu satelickiego MLB Double-A – drugi po Triple-A poziom MiLB, składający się z trzech lig: Eastern League, Southern League oraz Texas League Class A Advanced – drugi najniższy poziom MiLB, składający się z trzech lig: California League, Carolina League oraz Florida State League Class A – drugi najniższy poziom MiLB, niższy od Class A Advanced, składający się z dwóch lig: Midwest League oraz South Atlantic League Class A Short Season – drugi najniższy poziom MiLB, w którym rozgrywa się 75 meczów, składający się z dwóch lig: New York–Penn League oraz Northwest League.