Po śmierci Trautmanna w marcu 1963 tymczasowo funkcję prezydenta pełnił Frank Shaughnessy, a w grudniu wybrano na to stanowisko Phillipa Pitona. W tym samym roku wprowadzono system sześciu poziomów, który obowiązuje do dziś (AAA, AA, A-Advanced, A, A-Short Season i Rookie). W 1972 NAPBL liczyła 155 klubów. W 1964 szósty prezydent NABPL Henry J. Peters przeniósł siedzibę do St. Petersburga na Florydzie. Peters pozostał na stanowisku do 1975 roku, kiedy to został menadżerem generalnym Baltimore Orioles. Zastąpił go Robert R. Bragan, który był prezydentem przez dwa lata. Wówczas NAPBL liczyła 158 zespołów. Za prezydentury Johna H. Johnsona (1979–1988) frekwencja na meczach wzrosła. Podczas sezonu 1979 mecze 188 klubów obejrzało w sumie 21 659 000. W 1991 Mike Moore, 10 prezydent NAPBL, przeprowadził szereg reform. Osiem lat później The National Association of Professional Baseball Leagues oficjalnie zmieniła nazwę na Minor League Baseball W sezonie 2001, kiedy obchodzono setną rocznicę powstania NAPBL frekwencja wyniosła 38 808 339 widzów. Od 2008 prezydentem jest Pat O'Conner. W tym samym roku został ustanowiony rekord frekwencji na wszystkich meczach, które obejrzało 43 263 740 osób.