Po reformie edukacyjnej w 1932 szkołę podzielono na sześć klas ogólnych, cztery klasy gimnazjalne i dwuletnie liceum teologiczne. W roku szkolnym 1935/1936, po naradach państwowo-kościelnych, obie strony zgodziły się na likwidację seminarium krzemienieckiego (jak i wileńskiego) i zastąpienie obydwu szkół przez jedno Liceum Teologiczne w Warszawie. Proces ten nie doszedł do skutku z powodu wybuchu II wojny światowej. Po niej seminarium nie wznowiło działalności. Do tradycji szkoły nawiązuje Wołyńskie Seminarium Duchowne z siedzibą w Łucku, powstałe w 1991.
Związani z seminarium Rektorzy Krzysztof (Emmausski), 1837 Teodozjusz (Szapowałenko), 1848–1852 Efrem (Riazanow), 1852–1857 Teofilakt (Gubin), 1857–1860 Aleksandr Chotowicki, 1873 Symeon (Pokrowski), 1890–1893 Michał (Jermakow), 1893 Teodozjusz (Ołtarżewski), 1899–1901
Antoni (Marcenko), 1926
Absolwenci Aleksander Chotowicki, rosyjski duchowny prawosławny, misjonarz w Stanach Zjednoczonych, święty prawosławnyG. A. Grey, Portrety świętych Ameryki, Warszawska Metropolia Prawosławna, Warszawa 2003, s. 63–69 Aleksy Baranow, polski duchowny prawosławny, Ukrainiec z pochodzeniaJ.