Kurator wołyńskiego okręgu szkolnego twierdził, że seminarzyści wielokrotnie brali udział w burdach na terenie miasta, a placówka służyła jako schronisko dla osób nienadających się do wykonywania bardziej skomplikowanych zawodów. Mimo to władze cerkiewne nie zgadzały się na przeniesienie szkoły do Warszawy, co sugerowały władze państwowe, pragnąc usunąć ją z zamieszkanego przez znaczną społeczność prawosławną Wołynia i odizolować seminarzystów od środowiska ukraińskiego. W 1924 władze polskie cofnęły zgodę na działanie seminarium.
Hierarchia PAKP podjęła z rządem rozmowy w sprawie przywrócenia zezwolenia na prowadzenie szkoły. W 1925 Ministerstwo Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego zdecydowało o nadaniu placówce charakteru dziewięcioklasowego gimnazjum z internatem, podległego metropolicie warszawskiemu i całej Polski i kierowanego przez mianowanego przezeń rektora. Jedynie za nauczanie przedmiotów nieteologicznych odpowiadał wyznaczany przez ministra dyrektor. Władze państwowe nie zgodziły się na wprowadzenie jako wyłącznego języka wykładowego języka ukraińskiego, utrzymując język polski, z wyjątkiem kierunkowych przedmiotów teologicznych. Absolwenci szkoły mieli prawo podejmowania nauki w Studium Teologii Prawosławnej Uniwersytetu Warszawskiego.