4 kwietnia 1977 na mocy decyzji patriarchy moskiewskiego i całej Rusi Pimena oraz arcybiskupa ryskiego i łotewskiego Leonida została mianowana przełożoną monasteru, zaś w maju tego samego roku otrzymała godność igumeni.
Kierowana przez nią wspólnota była jednym z nielicznych żeńskich monasterów na terenie ZSRR, które nie zostały zlikwidowane przez władze. Ihumenii Magdalenie zabroniono jedynie przyjmowania na stałe do klasztoru nowych kandydatek. Po upadku ZSRR, gdy Rosyjski Kościół Prawosławny zaczął odzyskiwać skonfiskowane mu monastery, na czele nowych żeńskich wspólnot stanęło dziewiętnaście mniszek, które swoją formację duchową przechodziły w Rydze, pod kierunkiem ihumenii Magdaleny. Z tego powodu patriarcha Aleksy II porównał ją do św. Sergiusza z Radoneża, nauczyciela duchowego szeregu późniejszych twórców męskich monasterów, nazywając ją ihumenią całej Rusi.
Za swoją działalność ihumenia Magdalena otrzymała jedną z najwyższych nagród cerkiewnych przewidywanych dla mniszek – prawo noszenia dwóch krzyży z ozdobami (1990) oraz odznaczenia cerkiewne – Order Św.