Po odejściu z Danubio podjął pracę w peruwiańskiej Alianzie Lima, z którą podobnie jak w poprzednim klubie wygrał półroczne rozgrywki Apertura 2006, a kilka miesięcy później zdobył ogólnokrajowe mistrzostwo Peru. W tym samym roku został wybrany najlepszym szkoleniowcem ligi peruwiańskiej.
W 2007 roku Pelusso podpisał umowę z jednym z najbardziej utytułowanych klubów w Urugwaju, Club Nacional de Football, w którym rozpoczynał swoją piłkarską karierę. Z tym zespołem wywalczył tytuł mistrzowski w sezonie 2008/2009, zajął pierwsze miejsce podczas rozgrywek Apertura, a także triumfował w kilku turniejach towarzyskich i w Liguilla Pre-Libertadores. Dzięki temu jego drużyna mogła wziąć udział w Copa Libertadores 2009, gdzie po raz pierwszy od dwudziestu lat zdołała dotrzeć do półfinału. Rok później powtórzył ten sukces, tym razem w roli trenera Universidadu de Chile, dochodząc z ekipą z miasta Santiago do półfinału Copa Libertadores 2010.