W 1996 roku wyjechał do Chile, gdzie przez kolejne kilkanaście miesięcy pracował bez większych sukcesów w Deportes Iquique oraz Evertonie de Vina del Mar.
W 1999 roku Pelusso ponownie wrócił do Urugwaju, gdzie objął funkcję trenera drużyny Frontera Rivera i zdobył z nią tytuł regionalny – Campeón del Interior. Po tym sukcesie na krótko został opiekunem Racing Club de Montevideo, za to w 2001 roku podpisał kontrakt z ekwadorskim SD Aucas z siedzibą w mieście Quito. Wówczas także poprowadził ten zespół w rozgrywkach Copa Merconorte. Kolejnym przystankiem w jego karierze był klub Cerro, którego szkoleniowcem został już po raz drugi, jednak tym razem nie zanotował z nim żadnego większego osiągnięcia.
W 2004 roku Pelusso został trenerem stołecznego Danubio FC, z którym w tym samym sezonie najpierw zajął pierwsze miejsce w wiosennych rozgrywkach Apertura, aby już jesienią wywalczyć mistrzostwo Urugwaju, drugie w historii klubu. Triumfował również w Torneo Clasificatorio, dzięki czemu jego ekipa mogła wziąć udział w Copa Libertadores. Podczas pracy w Danubio został także odznaczony przez Urugwajski Komitet Olimpijski nagrodą dla najlepszego krajowego trenera w 2004 roku, jak również zwyciężył ze swoją drużyną w towarzyskich turniejach rozgrywanych we Włoszech – Catania i Maserata.