16 grudnia 1945 został przeniesiony do Krakowa, gdzie zamieszkał w tamtejszym klasztorze franciszkańskim. Wkrótce potem został zobowiązany do podjęcia studiów, które od 15 stycznia 1946 prowadził na Wydziale Humanistycznym Uniwersytetu Jagiellońskiego celem kontynuacji kształcenia przerwanego we Lwowie. Studia na UJ kontynuował przez dwa lata i nie ukończył wskutek aresztowania przez Wojewódzki Urząd Bezpieczeństwa Publicznego we Wrocławiu w dniu 8 czerwca 1948 w związku z przechowywaniem dokumentów (skrzynki kontaktowej) organizacji antykomunistycznej „Wolność i Niezawisłość” (WiN). Aresztowanie zostało spowodowane wcześniejszym zatrzymaniem Zofii Orliczowej, współpracującej z o. Deptuchem i zajmującą się ww. skrzynką kontaktową, która została rozpracowana przez UB (jej osobę wydała nieświadomie siostra zakonna, którą o Orliczową zapytali dwaj funkcjonariusze przebrani za księży).
Po trwającym śledztwie i procesie 30 listopada 1948 Wojskowy Sąd Rejonowy we Wrocławiu skazał go na sześciu lat pozbawienia wolności za pomoc członkom Okręgowi Lwów AK-WiN. Więziony był od 9 czerwca 1948 w zakładzie karnym wrocławskiego UB.