Adama Gajewskiego skazał go na karę śmierci, utratę praw obywatelskich i praw honorowych na zawsze oraz przepadek całego mienia. Prośba o łaskę została odrzucona. Prawdopodobnie wyrok został wykonany przed jej rozpatrzeniem. Egzekucja odbyła się w piwnicy gdańskiego więzienia 28 sierpnia 1946 r. Razem z nim stracona została Danuta Siedzikówna „Inka” (wyrok na obojgu wykonał ppor. Franciszek Sawicki, dowódca plutonu egzekucyjnego). Zanim padły strzały, obydwoje zdążyli krzyknąć: Niech żyje Polska!
W 1997 r. postanowieniem Sądu Wojewódzkiego w Gdańsku wyrok śmierci został unieważniony.
8 stycznia 2015 roku IPN podał informację o prawdopodobnym zlokalizowaniu szczątków Feliksa Selmanowicza.
28 sierpnia 2016 roku odbył się uroczysty, państwowy pogrzeb Feliksa Selmanowicza na Cmentarzu Garnizonowym w Gdańsku, razem z nim, obok niego w miejscu symbolicznego grobu została pochowana Danuta Siedzikówna ps. „Inka”. Liturgii pogrzebowej sprawowanej w bazylice konkatedralnej w Gdańsku przewodniczył abp Sławoj Leszek Głódź. Prezydent Andrzej Duda wydał postanowienie o mianowaniu Feliksa Selmanowicza na stopień podpułkownika.