W zaborze pruskim Wskutek III rozbioru Polski Zabłudów znalazł się w granicach Prus. Monaster był w tym okresie jednym z najważniejszych ośrodków kultowych nielicznej na Podlasiu ludności prawosławnej. Jego cerkiew była jedną z trzech świątyń tego wyznania w regionie, obok monasteru w Bielsku i Drohiczynie – inne prawosławne parafie jeszcze w XVII w. przeszły do Kościoła unickiego. W 1798, monaster w Zabłudowie stał się placówką filialną monasteru św. Symeona Słupnika w BrześciuH. Surynowicz, Życie monastyczne na Grodzieńszczyźnie w XIX wieku [w:] .
W zamiarze władz pruskich klasztor w Zabłudowie miał stać się centrum eparchii obejmującej struktury prawosławne w departamencie białostockim, a podległej patriarsze Konstantynopola. Wyznaczony został nawet jej pierwszy zwierzchnik – przełożony monasteru Zaśnięcia Matki Bożej, ihumen Sofroniusz (Michalski). Omawiany projekt nie został zrealizowany z powodu zmiany granic państwowych na mocy traktatu w Tylży. Zabłudów znalazł się wówczas w Imperium Rosyjskim.