Choć początkowo Partia Wolności i Sprawiedliwości (FJP) deklarowała, że nie wysunie własnego kandydata w wyborach prezydenckich, na początku kwietnia 2012 roku zarejestrowała kandydaturę przedsiębiorcy i wiceprzewodniczącego partii, Chajrata asz-Szatira. Jednakże po jego dyskwalifikacji przez komisję wyborczą z powodu skazania wyrokiem w procesie karnym, partia nowym kandydatem wyznaczyła Muhammada Mursiego. 26 kwietnia 2012 został on oficjalnie jednym z trzynastu kandydatów do urzędu prezydenckiego.
W pierwszej turze wyborów przeprowadzonej w dniach 23–24 maja 2012 uzyskał 24,8% głosów, wygrywając z drugim Ahmadem Szafikiem (23,7% głosów), byłym premierem z czasów Mubaraka uważanym przez wielu komentatorów za człowieka dawnego reżimu. W drugiej turze głosowania w dniach 16–17 czerwca 2012 pokonał Szafika, uzyskawszy 51,73% głosów. Po ogłoszeniu wyników podziękował Bogu i uczcił pamięć „męczenników rewolucji”. Zobowiązał się do powołania szerokiego rządu, złożonego z przedstawicieli różnych środowisk społecznych. Tego samego dnia zrezygnował ze stanowiska przewodniczącego Partii Wolności i Sprawiedliwości.