W drugiej turze przegrał jednakże ze swoim rywalem, oskarżając władze o fałszerstwo wyborcze.
Po tych wyborach był organizatorem antyrządowych demonstracji, protestujących przeciwko fałszerstwom wyborczym i brakowi niezależności sądownictwa. Za swoją działalność polityczną został 16 maja 2006 aresztowany razem z 500 innymi członkami Bractwa Muzułmańskiego w czasie jednego z protestów w Kairze. Spędził wówczas 7 miesięcy w areszcie.
Rewolucja i wybory prezydenckie
Ponownie zatrzymany został 25 stycznia 2011 w czasie rewolucji egipskiej, razem z pozostałymi przywódcami organizacji, co miało uniemożliwić ich udział w nasilających się protestach. Po kilku dniach i obaleniu prezydenta Husniego Mubaraka odzyskał wolność. 30 kwietnia 2011 został wybrany przewodniczącym utworzonej przez członków Bractwa Muzułmańskiego Partii Wolności i Sprawiedliwości (FJP). W wyborach parlamentarnych do Zgromadzenia Ludowego, które odbywały się w trzech turach pomiędzy 28 listopada 2011 a 11 stycznia 2012 FJP zajęła pierwsze miejsce, zdobywając 235 mandatów w 508-osobowej izbie.