Do innych zainteresowań Zygmunta Holcera należały badania nad architekturą obronną, szczególnie w regionie Krakowa i Ojcowskiego Parku Narodowego. Zajmował się między innymi historią Grodziska. Należał do sekcji „Architectura Militaris” przy Komisji Urbanistyki i Architektury krakowskiego oddziału Polskiej Akademii Nauk. Parał się również fotografią artystyczną, był członkiem Polskiego Towarzystwa Fotograficznego i współzałożycielem Krakowskiego Towarzystwa Fotograficznego. Kolekcjonował starodruki. Był autorem bądź współautorem publikacji z zakresu architektury obronnej (Architektura obronna, Mały słownik terminologiczny dawnej architektury obronnej w Polsce) oraz geologii i mineralogii (między innymi w dwumiesięczniku „Kamienie”, „Archiwum Mineralogicznym”, czasopiśmie „Polskie Towarzystwo Mineralogiczne – Prace Specjalne” czy kwartalniku „Geologia”).
Działał w Związku Inwalidów Wojennych oraz Związku Kombatantów RP i Byłych Więźniów Politycznych. Był odznaczony między innymi Krzyżem Kawalerskim (1984) i Oficerskim (1990) Orderu Odrodzenia Polski, Odznaką „Za Zasługi dla Ziemi Krakowskiej” (1985), Krzyżem Oświęcimskim (1987) i medalem Maximilian-Kolbe-Werk (1995). Zmarł w Krakowie 17 lipca 2004 roku i został pochowany na cmentarzu Rakowickim.