Podczas tumultu toruńskiego z 16–17 lipca 1724 roku przebywał w swoim domu. Jako burmistrz przez dłuższy czas nie interweniował w sprawie uspokojenia sytuacji. Zdaniem historyka Michała Targowskiego, Zerneke mógł zachować bierną postawę, gdyż za sprawy porządku i bezpieczeństwa odpowiadał drugi burmistrz, prezydent Jan Gotfryd Rösner. Śledztwo w sprawie zamieszek prowadził sąd asesorski, który w listopadzie 1724 roku skazał na śmierć czternastu toruńskich mieszczan, w tym Zernekego i Rösnera (za dopuszczenie i podżeganie do zamieszek, w wyniku których ewangelicy toruńscy zdemolowali kolegium jezuickie i sąsiadujący z nim klasztor). Wyrok odczytano 19 listopada, jeszcze tego samego dnia obaj burmistrzowie zostali osadzeni w areszcie domowym. Obaj wysyłali do komisarzy listy z prośba o ułaskawianie, ale także odrzucili również propozycję ucieczki do Prus, licząc na pozytywny przebieg wydarzeń. 6 grudnia ludność katolicka z Torunia i okolic zebrała się w kościele św. Janów w Toruniu, gdzie u członków komisji wstawili się za Zernekem. Tego samego dnia komisarze zwrócili się do króla Augusta II Mocnego z prośbą o wydanie aktu łaski. Wykonanie wyroku przesunięto.