Trzy lata później został wybrany wiceprzewodniczącym ławy toruńskiej.
1 maja 1702 roku ożenił się z Concordią, córką gdańskiego kupca Mathiasa Stannickiego. Małżeństwo miało dwóch synów Heinricha i Valentina oraz cztery córki. Rodzina mieszkała w kamienicy na styku ulic Żeglarskiej i św. Jana (obecnie ul. Żeglarska 16).
W 1713 roku został członkiem toruńskiej rady miejskiej. W 1706 roku został ławnikiem, w 1712 roku sędzią, w 1713 roku rajcą. W 1720 został burmistrzem Toruniu, wówczas urządowi w hierarchii władz miejskich na drugim miejscu po prezydencie. W marcu 1723 roku awansował na stanowisko burmistrza prezydującego. W pierwszych miesiącach swojej pracy na tym stanowisko załagodził konflikt pomiędzy władzami miejskimi a jezuitami, przeprowadził rewizję przepisów przeciwpożarowych, uwolnił kasę miejską od niektórych roszczeń ze strony możnych rodzin szlacheckich oraz zakończył budowę Domu Pracy Przymusowej.
Według tradycji, mieszkańcy Torunia tak bardzo szanowali Zernekego, że ulicę, przy której mieszkał, wykładano słomą, by nie przeszkadzać historykowi.