Był w Polsce jednym z pionierów chirurgicznego leczenia nowotworów przełyku i wpustu żołądka, skutecznie wdrażał techniki zakładania sztucznego odbytu i rozwiązywał psychologiczne problemy operowanych chorych. Jedną z jego pasji była historia chirurgii.
Publikacje Jest autorem kilku podręczników akademickich oraz ponad dwustu prac naukowych, publikowanych w kraju i zagranicą. Część prac dotyczyła historii polskiej chirurgii i problemów deontologii, m.in.: „Lekarz i jego chorzy”, „W służbie zdrowia i życia ludzkiego”, „Profesorowie Wydziału Lekarskiego UJ jako uczeni i żołnierze ruchu oporu”, „Sylwetki chirurgów polskich”, „Zarys dziejów chirurgii polskiej” Inicjatorem wydania tej książki była Komisja Historyczna Towarzystwa Chirurgów Polskich. We wprowadzeniu napisano, że jest ona:
Józef Bogusz pisał lub redagował opracowania kierowane do pielęgniarek, np.: „Chirurgia dla pielęgniarek”, „Encyklopedia dla pielęgniarek”
Wyróżniane są jego zasługi jako współzałożyciela i naczelnego redaktora „Zeszytów Oświęcimskich” Przeglądu Lekarskiego, które poświęcono skrupulatnemu dokumentowaniu wydarzeń II wojny światowej, a równocześnie poszukiwaniu dróg zbliżenia narodów – polskiego i niemieckiego.