W czasie II wojny światowej przebywał w Warszawie. Pracował na oddziale neurochirurgii Szpitala im. Dzieciątka Jezus i prowadził przychodnię chirurgiczną. Za udział w powstaniu warszawskim otrzymał Warszawski Krzyż Powstańczy. Po wojnie wrócił do Akademii Medycznej w Krakowie (marzec 1945), gdzie pracował na stanowisku kierownika I Katedry i Kliniki Chirurgicznej UJ. W 1948 roku uzyskał habilitację, a w 1953 został mianowany profesorem nadzwyczajnym. Pełnił funkcję wiceprezesa, a w latach 1966–1968 prezesa Zarządu Głównego Towarzystwa Chirurgów Polskich. Był członkiem wielu polskich i zagranicznych towarzystw naukowych. W latach 1960 i 1970 Rada Wydziału Lekarskiego występowała z wnioskiem o nadanie tytułu profesora zwyczajnego, którego jednak nie przyznano. Przeszedł na emeryturę w roku 1974. Pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie (pas 14, rząd zach.). mały|Grób prof. Józefa Bogusza na cmentarzu Rakowickim w Krakowie Zakres działalności naukowej Był kontynuatorem krakowskiej szkoły chirurgów tarczycy. Interesował się też m.in. chirurgią żołądka, jelit i dróg żółciowych oraz zagadnieniami chirurgii wieku podeszłego. Dzięki udoskonaleniom techniki operacji zmniejszył w klinice śmiertelność w operacjach nadczynnego wola z poziomu 5,3% w latach 50. XX w. do poziomu 0,8% w końcu lat 60.