Ich wspólna reprezentacja w 1899 roku podejmowała drużynę z Wysp Brytyjskich pokonując ją 24 czerwca w obecności 30 tysięcy widzów w inauguracyjnym meczu serii 13-3, przegrywając jednak kolejne trzy spotkania w lipcu i sierpniu. Retrospektywnie tę serię meczów uznano za pierwsze oficjalne mecze reprezentacji Australii.
W 1903 roku po raz pierwszy Australijczycy zagrali oficjalnie z Nową Zelandią, natomiast w 1908 roku udali się na tournée na północną półkulę. Zwyciężyli w 32 z 38 meczów w Europie i Ameryce Północnej, a także wystąpili w turnieju rugby union na Letnich Igrzyskach Olimpijskich 1908, w którym zdobyli złoty medal. Do australijskiej armii walczącej w I wojnie światowej zaciągnęło się wielu graczy i działaczy rugby, toteż na skutek strat ludzkich, a także przechodzenia zawodników do rugby league, rugby union wpadło w zapaść. Jedyną drużyną reprezentującą Australię w latach dwudziestych XX wieku była stanowa reprezentacja Nowej Południowej Walii – Waratahs, a ich mecze z tego okresu również zostały uznane za mecze Wallabies. Rugby union w Wiktorii i Queensland odrodziło się natomiast dopiero pod koniec tej dekady.