Synodowi miał prezydować jeden z biskupów; pierwszym przewodniczącym został metropolita Stefan. W 1722 na mocy ukazu carskiego ustanowione zostało stanowisko oberprokuratora Synodu, świeckiego urzędnika, który miał strzec interesów cara i państwa w Cerkwi. W tym samym roku, po śmierci metropolity riazańskiego, urząd przewodniczącego Synodu został zlikwidowany i faktyczną kontrolę nad Synodem objął oberprokurator. Takie rozwiązanie zaakceptował w 1721 patriarcha Konstantynopola.
Urząd patriarchy został restytuowany w 1917 na Soborze Lokalnym, na zwierzchnika Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego wybrano dotychczasowego metropolitę moskiewskiego Tichona.
Historyczna tytulatura W dekrecie ogłaszającym powstanie Patriarchatu Moskiewskiego jego zwierzchnika określono jako z bożej łaski patriarchę panującego miasta Moskwy i całej Rusi (cs. Божию милостию патриарх царствующаго града Москвы и всеа Русии)Уложенная грамота об учреждении в России Патриаршества. 1589 г., май.