Działania te powinny zostać usankcjonowane stosownymi postanowieniami Soboru Biskupów Patriarchatu Konstantynopolitańskiego, co stało się w roku następnym (choć wskazywano, że znaczna część podpisów biskupów na akcie nadania autokefalii nie była oryginalna). Wtedy też Patriarchat Moskiewski otrzymał piąte miejsce w dyptychu (w kolejnych latach carowie bezskutecznie ubiegali się o miejsce trzecie).
Patriarchat Moskiewski funkcjonował do reformy cerkiewnej Piotra Wielkiego. Po śmierci patriarchy Adriana w styczniu 1700 car nie dopuścił do zwołania soboru, który wybrałby jego następcę, lecz wskazał „egzarchę, strażnika i administratora tronu patriarszego” – jednego z najmłodszych biskupów, metropolitę riazańskiego Stefana. Wbrew nadziejom cara hierarcha ten nie popierał jego polityki w sprawach cerkiewnych. W związku z tym Piotr I zwrócił się z poleceniem sporządzenia nowego wewnętrznego statutu Kościoła do metropolity pskowskiego Teofana. Opracował on w 1720 Duchowny regulamin, uzupełniany następnie przez samego cara i pod jego naciskiem zaakceptowany przez hierarchów rosyjskich, na mocy którego w miejsce urzędu patriarszego powstał kolegialny organ, który rozpoczął prace w roku następnym i wtedy też został nazwany Świątobliwym Synodem Rządzącym.