Skuteczność immunoterapii z użyciem przeciwciał regulujących system odpornościowy może być zmniejszona przy stosowaniu antybiotyków.
Mikrobiom innych organizmów Przykłady znaczenia u zwierząt:
umożliwiają trawienie celulozy u większości roślinożerców (np. termity, jeleniowate, antylopy, owce, krowy), samice dudków pokrywają jaja wydzieliną w gruczołu kuprowego zawierającą bakterie hamujące wnikanie do wnętrza jaja patogenów, bakterie mrówek tnących liście pomagają utrzymać w czystości uprawiane grzyby, rybom należącym do rodziny rozdymkowatych ich mikrobiom pomaga w produkcji tetrodotoksyny, mikrobiom śliny stonki ziemniaczanej hamuje reakcje obronne zjadanych roślin, bakterie bioluminescencyjne ryb kardynałkowatych pomagają wabić pokarm, bakterie obecne w ślinie mrówkolwa wytwarzają toksyny paraliżujące ofiary zwierzęcia, glony zooskantelle dostarczają produkty fotosyntezy koralowcom,
Przykłady znaczenia u roślin:
kukurydza potrafi wykorzystać mikrobiom gąsienic jej szkodnika (Spodoptera frugiperda) do spowodowania uszkodzeń jelita, duża liczba bakterii na pszenicy ozimej poprawia jej plonowanie i ogranicza grzybice (septoriozy), grzyby (Cryptococcus, Rhodotorula) siewek pszenicy wspomagają jej odporność czynną.