Doraźna zmiana diety wpływa dość szybko (w ciągu doby) na szczegółowy skład mikrobiomu, podczas gdy charakterystyczny enterotyp pozostaje stały przez co najmniej 10 dni.
W przypadku zakażenia jelit przez Clostridium difficile jedną z metod leczenia jest przeszczep fekalny polegający na wprowadzeniu do jelit właściwego mikrobiomu od zdrowego dawcy. W świetle aktualnej wiedzy medycznej, przeszczep mikroflory jelitowej od żywego, zdrowego dawcy jest najbardziej skuteczną i najbezpieczniejszą z opcji terapeutycznych w przypadku nawracających lub opornych na leczenie antybiotykami zakażeń Clostridium difficile
Mikrobiom a immunoterapia nowotworowa Na stan zdrowia i choroby ludzkiego organizmu może mieć wpływ relacja między komórkami własnymi, a bytującymi w ciele mikroorganizmami. Metagenom reguluje proces zapoczątkowujący powstawanie nowotworów, ich rozwój i odpowiedź na terapię. Symbioza między nabłonkowymi barierami ludzkiego organizmu, a ekosystemem mikroorganizmów ma znaczący wpływ na system odpornościowy, wpływając na wyniki terapii nowotworów u pacjentów onkologicznych.