Najczęściej podaje się, że liczba komórek mikroorganizmów (prokariotycznych i eukariotycznych) zasiedlających ludzki przewód pokarmowy jest mniej więcej dziesięciokrotnie większa niż liczba jego własnych, budujących organizm, komórek. Jednak nowsze szacunki sugerują, że uwzględniając komórki krwi i niejednolitą kolonizację przewodu pokarmowego należy przyjąć stosunek komórek ludzkich do bakteryjnych jako około jeden do jednego. Daje to w zależności od tego czy metoda szacowania przyjmuje równomierną kolonizację przewodu pokarmowego, czy uwzględnia znaczną różnicę pomiędzy jego początkowym, a końcowym odcinkiem od 3,8·1013 do 1014 mikroorganizmów o liczbie genów co najmniej stokrotnie większej niż liczba genów człowieka. Geny te są zaangażowane m.in. w metabolizm węglowodanów, aminokwasów, ksenobiotyków, wytwarzanie witamin i izoprenoidów, jak również metanogenezę. Według niektórych badaczy uzasadnia to stwierdzenie, że ludzki metabolizm należy traktować jako zespół, na który składa się zarówno metabolizm samego człowieka, jak i jego mikrobiomu, czyli stosować podejście metagenomowe, a więc odnoszące się do zespołu genomów.