Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Argentyny Berizzo zadebiutował 9 października 1996 w wygranym 5-2 wyjazdowym meczu eliminacji Mistrzostw Świata 1998 z Wenezuelą. W następnym roku wystąpił w turnieju Copa América. Na turnieju wystąpił w meczu ćwierćfinałowym z Peru, w którym w 67 min. został wyrzucony z boiska.
W 1999 po raz drugi został powołany na Copa América. Na turnieju w Paragwaju był rezerwowym i nie wystąpił w żadnym meczu. Ostatni raz w reprezentacji wystąpił 15 listopada 2000 z wygranym 2-0 wyjazdowym meczu eliminacji Mistrzostw Świata 2002 z Chile. Ogółem w barwach albicelestes wystąpił w 13 meczach.
Kariera trenerska Zaraz po zakończeniu kariery piłkarskiej Eduardo Berizzo został trenerem. W latach 2007-2010 był asystentem Marcelo Bielsy w prowadzonej przez niego reprezentacji Chile. W 2011 rozpoczął pracę na własny rachunek w Estudiantes La Plata. Po krótkim nieudanym epizodzie w argentyńskim klubie przeniósł się jeszcze tego samego roku do chilijskiego O’Higgins, które już pierwszym sezonie doprowadził do finału Pucharu Chile, a w 2013 zdobył pierwsze mistrzostwo w historii tego klubu. Latem 2014, po wygraniu chilijskiego Superpucharu, zastąpił w Celcie Vigo odchodzącego do Barcelony Lusia Enrique.