Natychmiast znalazł się on w konflikcie z rezydującym w Moskwie metropolitą kijowskim Aleksym, który nie pogodził się z wyłączeniem metropolii litewskiej spod jego jurysdykcji. W 1355 kwestia ta była przedmiotem obrad patriarszego synodu w Konstantynopolu. W roku następnym ostatecznie rozstrzygnął on kwestię podziału administracyjnego Kościoła na ziemiach litewskich i ruskich, podporządkowując metropolitom litewskim eparchie nowogródzką, briańską i połocką. Metropolita Roman nadal starał się jednak o przejęcie urzędu metropolity kijowskiego. Spór między hierarchami, utrudniający metropoliom prowadzenie działań misyjnych, zniechęcił Olgierda do przeprowadzenia chrztu Litwy w obrządku prawosławnym. W 1362, po zajęciu przez Litwę ziemi kijowskiej, Roman przeniósł swoją rezydencję do Kijowa. Chociaż za panowania Olgierda doszło do znaczącego rozwoju Kościoła prawosławnego na Litwie, nie stał się on wyznaniem panującym. Według Antoniego Mironowicza przyczyną tego faktu była obawa przed wpływami moskiewskimi, jakie za pośrednictwem religii mogłyby rozprzestrzeniać się na litewskiej prowincji.