Ojciec Marii, książę Karol I Gonzaga ogłosił się księciem Mantui i margrabią Montferrat i aby dochodzić swoich praw ruszył do Włoch ze swoim najmłodszym synem. Wyprawa ta okazała się czasochłonna i kosztowna. Książę popadł w kłopoty finansowe, które zmusiły go do likwidacji dworu w Nevers. Maria, jedyna z rodu, która nie opuściła Francji, przeniosła się wówczas do stołecznej rezydencji ciotki Hôtel d’Alençon.
Pierwszy raz miała wyjść za mąż za Gastona Orleańskiego w 1627, jednak król Francji nie wyraził zgody na małżeństwo, a Marię uwięził w twierdzy Vincennes, a następnie w klasztorze. Spędziła tam trzy lata, po czym pozwolono jej osiąść z powrotem w Nevers. Zdania są podzielone co do przyczyn powrotu Marii w rodzinne strony, jedni twierdzą iż powrót na prowincję był spowodowany żądaniem króla, inni wskazywali na coraz dotkliwsze kłopoty finansowe, ponieważ wojna o mantuańskie dziedzictwo mocno nadszarpnęła fortunę Gonzagów. Maria mimo wszystko utrzymywała skromny dwór, na którym obowiązywała etykieta godna córki suwerennego władcy.