W okresie III Rzeszy w Henrykowie zorganizowano fabrykę wojskową, w której pracowali jeńcy z Luksemburga. Pod koniec wojny klasztor obrabowano i zdewastowano.
Opactwo współcześnie W 1949 opactwo henrykowskie powróciło w ręce cystersów. Swój przeorat utworzyli tu zakonnicy ze Szczyrzyca. Objęli oni kościół i część klasztoru stanowiącą współcześnie konwent. Reszta klasztoru była przeznaczona początkowo na magazyny wojskowe, następnie na ośrodek kolonijno-wypoczynkowy jednej z górnośląskich kopalń, a w 1965 utworzono w nim Przedsiębiorstwo Hodowli Roślin i Nasiennictwa oraz Technikum Nasienniczo-Rolne. Od tego czasu rozpoczęła się powolna odbudowa opactwa. W 1990 z inicjatywy kardynała Henryka Gulbinowicza opactwo w całości przeszło na własność archidiecezji wrocławskiej. 25 września 1990 utworzono w pomieszczeniach klasztoru Annus Propedeuticus jako oddział Metropolitarnego Wyższego Seminarium Duchownego we Wrocławiu dla kleryków I roku. W ciągu następnych lat wyremontowano budynek poklasztorny, oficyny oraz zagospodarowano teren wokół obiektu. 28 października 2000 na uroczyste nałożenie tunik alumnom I roku MWSD we Wrocławiu przybył do Henrykowa kard. Joseph Ratzinger – późniejszy papież Benedykt XVI.