Lata świetności Po wojnie trzydziestoletniej przypadają lata największego rozwoju opactwa i jego świetności. Początki działalności powojennej były dla cystersów trudne ze względu na znaczne zadłużenie klasztoru. Z tego powodu ze swojej funkcji zrezygnował opat Kaspar Liebichen. Jednak już jego dwaj następcy, Melchior Welzel i Henryk Kahlert, przywrócili klasztor do dawnej świetności, a ich następca Tobiasz Ackermann kontynuował dzieło rozwoju opactwa. W tym okresie powstała większość barokowych obiektów opactwa. Prowadzono program umacniania w wierze mieszkańców okolicznych wsi. Miejscem szczególnym tego programu uczyniono klasztorny kościół, który przebudowano w stylu barokowym. Z tego okresu pochodzą najcenniejsze zabytki ruchome, zlokalizowane zarówno w kościele, jak i w opactwie. W 1684 ufundowano ołtarz główny, ze znajdującym się w jego środkowej części obrazem Boże Narodzenie według świętego Bernarda pędzla Michała Willmanna. Powstały wówczas również inne obrazy autorstwa Willmanna i Jana Liszki, rzeźby Macieja Steinla, Tomasza Weissfeldta, Jerzego Leonarda Webera oraz jedne z najwspanialszych w Polsce rokokowe stalle zakonne, dzieło nieznanych cysterskich snycerzy, zdobione płaskorzeźbami ze scenami z życia Jezusa i Matki Bożej. Kościół opactwa henrykowskiego stał się ważnym sanktuarium maryjnym oraz miejscem kultu św.