Kolejne lata cystersi henrykowscy spędzili na umacnianiu swej pozycji w regionie. Swe dochody czerpali przede wszystkim z dóbr ziemskich oraz działalności rzemieślniczej. O ich rosnącej pozycji świadczy założenie w 1292 filii opactwa w Krzeszowie. W 1304 rozpoczęli budowę nowego gotyckiego kościoła klasztornego. Ponadto książęta ziębiccy urządzili z klasztoru henrykowskiego rodzinną nekropolię. W 1341 pochowano w klasztorze księcia Bolka II ziębickiego, a niedługo później jego żonę. Pogorszenie prosperity klasztoru przyniosły wojny husyckie, które nawiedzały opactwo w latach 1427–1430. Klasztor został spalony i splądrowany, a mnisi uciekli do Nysy i Wrocławia. Wojny husyckie nie były niestety jedyną przyczyną zniszczeń klasztoru. Po ich zakończeniu odbudowywany klasztor był w XV w. niszczony jeszcze kilkakrotnie. W 1438 zniszczyły go wojska Zygmunta von Reichenaua, a w 1459 najazd wojsk czeskich króla Jerzego z Podiebradów.