Ceną, jaką zapłacił za to Estreicher, było utrącenie w 1966 wniosku o nadanie tytułu profesora zwyczajnego, a także stosowany wobec niego ostracyzm ze strony kolegów uniwersyteckich (wyrażający się postponowaniem dorobku naukowego oraz rozpowszechnianiem nieprawdziwych i szkalujących opinii o Estreicherze).
Ostatnie lata
Będąc już na emeryturze (od 1976) powołany został na eksperta Ministerstwa Szkolnictwa Wyższego i Techniki w sprawie żądań NRD dotyczących wydania Biblioteki Pruskiej, która od 1945 zdeponowana była w Bibliotece Jagiellońskiej w Krakowie. Ostro krytykował posunięcia władz UJ z 1975, gdy zaczęto nadawać zbiorom Biblioteki Pruskiej znaki własności Biblioteki Jagiellońskiej. Pod wpływem argumentów Estreichera nie tylko zaprzestano tegoż procederu, ale nawet dyrektor Biblioteki Jagiellońskiej (Władysław Andrzej Serczyk) przyjął punkt widzenia Estreichera i obaj w 1981 opowiedzieli się za zwrotem Biblioteki Pruskiej władzom NRD lub RFN, ale zaznaczyli, że powinno to być poprzedzone zwrotem polskich dóbr kultury zrabowanych przez III Rzeszę z okupowanej Polski w latach 1939–1945 oraz wyrównaniem strat (ekwiwalentem w dobrach kultury) związanych z celowym i barbarzyńskim niszczeniem polskich dóbr kultury przez Niemców w latach 1944–1945 (po upadku powstania warszawskiego).